Les programmes Msdos prennent un malin plaisir à reconfigurer ce fichier. Evidemment, Windows se laisse à chaque fois prendre !
En cas de problème, il faut l' ouvrir avec un éditeur de texte quelconque en mode sans échec ( ouvrir avec Wordpad ou le Bloc-notes ).
Msdos.sys se trouve à la racine du disque dur.

La section [Paths] contient généralement les lignes suivantes :
WinDir = C:\Windows
WinBootDir = C:\Windows
HostWinBootDrv = C

Les entrées suivantes se trouvent dans la section [option] de Msdos.sys :
BootGui = 1 : Windows 98 se lance automatiquement lors du démarrage de votre ordinateur, en mettant cette option à 0 vous démarrerez en mode Msdos et devrez taper C:\win pour lancer Windows 98.
BootKeys = 1 : lors du démarrage de Windows 98 vous pouvez choisir le mode de lancement avec la touche F8… En mettant cette option à zéro vous supprimez cette possibilité.
BootMenu = 0 : quand cette option est égale à 1 , le menu de démarrage s' affiche lors de l' initialisation de votre système.
BootMenuDefault = X : définit la commande du menu de démarrage. Si l' option est égale à 1, le démarrage normal est proposé par défaut; si l' option est égale à 3, Windows démarre en mode sans échec.
BootMenuDelay = 0 : démarre Windows sans délai d' attente.
DBLSPACE = 0 : interdit le chargement automatique du pilote DBLSPACE.BIN.
DRVPACE = 0 : interdit le chargement automatique du pilote DRVSPACE.BIN.
LoadTop = 0 : sur la valeur zéro, interdit le chargement en mémoire haute de command.com et de tous les fichiers nécessaires à
l' exploitation d' un disque dur compressé.
Logo = 0 : en étant égal à zéro, n' affiche pas le logo de Windows 98 au démarrage.

Les petits xxxxxxxxxxx à la fin sont là pour assurer au fichier une taille minimale de 1024 bytes. Et ce afin de préserver la compatibilité avec, par exemple, certains programmes d' anti-virus.